Lahirnya SMA Dwiwarna (Boarding School) berasal dari buah pemikiran, diskusi, dan musyawarah anggota pengajian keluarga yang diinisiasi oleh Ibu Ratjih Natawidjaja ibunda dari Prof. Dr. Ir. H. Ginandjar Kartasasmita bersama Prof. Dr. Quraish Shihab, Prof. Nurcholish Madjid, Prof. Dr. Umar Shihab, dan para tokoh Islam lainnya, sehingga terbentuklah Yayasan Pendidikan Islam Dwiwarna pada 3 April 1992.
Pada 20 Juli 1998, SMA Dwiwarna (Boarding School) berlokasi di Parung, Kabupaten Bogor, Jawa Barat resmi dibuka yang ditandai dengan penandatanganan prasasti oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan – Prof. Dr. Juwono Sudarsono, M.A. dan saat itu sebagai angkatan pertama, sekolah telah menerima 81 murid dan sekitar 125 murid yang lulus seleksi administrasi. Setelah meluluskan angkatan pertama, SMA Dwiwarna (Boarding School) mengambil langkah penting terhadap penerimaan bagi murid putri dan kini SMA Dwiwarna (Boarding School) terbuka bagi putra dan putri muslim terbaik dari seluruh nusantara.
Pada perjalanannya, SMA Dwiwarna (Boarding School) menegaskan identitasnya bukan sebagai pesantren atau tempat kursus non formal, melainkan sebagai sekolah umum yang mengintegrasikan pendalaman ajaran pendidikan Islam ke dalam kehidupan sehari-hari. Konsep tersebut berhasil menghadirkan wajah baru pendidikan Islam di Indonesia, sebuah sekolah bernafaskan Islam yang bersih, sehat, modern, dan berasrama di mana mewakili segmen baru dalam dunia pendidikan menengah.
SMA Dwiwarna (Boarding School) terus berkomitmen dalam mengoptimalkan potensi intelektual, sosial, dan spiritiual serta membangun pribadi yang utuh jasmani dan rohani. Komitmen ini terus dipegang teguh hingga jelang menginjak usia 3 dekade, di mana SMA Dwiwarna (Boarding School) berhasil meluluskan putra dan putri terbaiknya ke Sekolah Kedinasan, Perguruan Tinggi Luar Negeri, Perguruan Tinggi Dalam Negeri, dan Perguruan Tinggi Swasta favorit. Tidak hanya itu, para alumni juga telah banyak berhasil meniti karir kesuksesan pada bidang polisi, tentara, dokter, arsitek, pengacara, pengusaha, politisi, dan lainnya. Para alumni pun juga tergabung dalam Ikatan Alumni Dwiwarna yang sudah terbentuk dari tahun 2013.
